১৯৩৭ সালে সৈয়দ আনোয়ার কাশ্মীরির খলিফা মোজাফফর উদ্দিন করিমপুরী মাদ্রাসাটি প্রতিষ্ঠা করার পরে নিজেই মাদ্রাসার অধ্যক্ষের দায়িত্ব পালন করেন। মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠা করার সময় এলাকার দানশীল ও ইসলামি ব্যক্তিগণ সাহায্য করেছিলেন। মাদ্রাসার প্রতিষ্ঠার প্রথমদিকে যেসকল ব্যক্তি সাহায্য করেছিলেন, এদের মধ্যে মাওলানা রৌশন আলী সাং মির্জাটুলা, এবং আকবর আলী তালুকদার সাং লেঞ্জাপাড়া, ইউপি চেয়ারম্যান সৈয়দ আব্দুল আউয়াল সাং বিরামচর, ডাক্তার মাহতাব উদ্দীন সাং কুটির গাঁ প্রভৃতি ব্যক্তিগণ উল্লেখযোগ্য।
এছাড়াও মাদ্রাসা প্রতিষ্ঠার প্রাথমিককালে বিনা বেতনে, নাম মাত্র বেতনে অনেক শিক্ষক উল্লেখযোগ্য শ্রম দিয়েছেন, এদের মধ্যে মাওলানা ইরফান আলী সাং হাফিজপুর, মাওলানা আব্দুল আজিজ (পীর সাহেব) সাং উবাহাটা, উপাধ্যক্ষ মাওলানা আব্দুল মতিন সাং উলুকান্দি, মুফতি আব্দুল কাইয়ুম সাং সুদিয়াখলা প্রভৃতি ব্যক্তিবর্গ উল্লেখযোগ্য ছিলেন।
মাদ্রাসার প্রতিষ্ঠার প্রাথমিক পর্যায়ে জনসাধারণের সাহায্যে সর্বমোট ২.৫২ একর জমির উপর মাদ্রাসাটি প্রতিষ্ঠিত হয়। মাদ্রাসাটি প্রতিষ্ঠার পরপরই ব্রিটিশ সরকার কর্তৃক স্বীকৃতি লাভ করে। ১৯৪০ সালের মধ্যে মাদ্রাসাটি আসাম শিক্ষা বোর্ডের অধীনে ফাজিল স্তর পর্যন্ত অনুমোদন লাভ করে। ২০০৬ সালে মাদ্রাসাটি বাংলাদেশ সরকার কর্তৃক কামিল স্নাতকোত্তর পর্যায় পর্যন্ত অনুমোদন লাভ করে, এবং তখন ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয় কুষ্টিয়ার অধিভুক্তি লাভ করে। ফলে মাদ্রাসার ফাজিল শ্রেণী সাধারণ ডিগ্রি শ্রেণীর মান এবং কামিল শ্রেণী সাধারণ মাস্টার্স শ্রেণীর মান লাভ করেন। ২০১৬ সালে ইসলামি আরবি বিশ্ববিদ্যালয় প্রতিষ্ঠিত হলে মাদ্রাসাটি সেখানে স্থানান্তরিত হয়।